การบริหารงานของสถาบันวิจัยและพัฒนามีผู้อำนวยการเป็นผู้บังคับบัญชา โดยมีคณะกรรมการประจำสถาบันทำหน้าที่กำกับนโยบายและให้ข้อเสนอแนะในการบริหารงาน สถาบันวิจัยและพัฒนาแบ่งโครงสร้างการบริหารออกเป็น 3 งาน และ 1 สำนักงาน ประกอบด้วย งานบริหารงานทั่วไป งานวิจัยและส่งเสริมการวิจัย และงานบริการวิชาการและโครงการพระราชดำริ มีหัวหน้าสำนักงานดูแลสำนักงานผู้อำนวยการ